AFAS heeft drie bestuurders. Bas van der Veldt, Arnold Mars en Pieter Mars. Pieter is directeur Family Office en verantwoordelijk voor het familiebeleid, de vastgoedportefeuille en het vermogensbeheer. Arnold en Bas vormen de hoofddirectie van AFAS. De hoofddirectie is verantwoordelijk voor de strategie van AFAS en de uitvoering daarvan.
De aandeelhouders hebben geen directe invloed op het beleid van AFAS. Dat komt onder andere doordat de aandelen zijn ondergebracht in Stichting Administratie Kantoor AFAS (STAK AFAS). De bestuurders van AFAS zijn als enigen bevoegd verplichtingen aan te gaan. Dit betekent overigens niet dat de bestuurders alles maar kan beslissen. Voor sommige besluiten die van groot belang zijn is goedkeuring van de aandeelhouders nodig. Dergelijke besluiten noemen we ankerpunten. Meer informatie vind je in het Familiestatuut. De bestuurders leggen verantwoording af aan de Raad van Commissarissen.